Ya en fechas más recientes, se promulga la Directiva 92/43/CEE, sobre la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora salvaje, adaptada formalmente en el Estado Español mediante el Real Decreto 1997/95, de 7 de Diciembre. Esta Directiva reemplaza ciertas obligaciones de protección de hábitats que surgen de la Directiva sobre aves.

El objetivo declarado de la Directiva 92/43/CEE es el mantenimiento de la biodiversidad dentro del territorio europeo de los Estados miembros a través de la conservación de hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres.

Esta Directiva amplía a otras especies y tipos de hábitats muchos de los mecanismos de protección establecidos para las aves en la Directiva 79/409, e impone obligaciones similares a las recogidas en el Convenio de Berna sobre conservación de la vida silvestre en Europa. Por último, se propone contribuir a la ejecución del Convenio sobre Diversidad Biológica.

Incluye cuatro anexos, el primero de los cuales lista 168 tipos de hábitats para cuya conservación es necesario designar zonas especiales. Un tipo determinado de hábitat se considera como de interés comunitario si está en peligro de desaparición en su estado natural, tiene una fragilidad especial, o representa un ejemplo sobresaliente de al menos una de las regiones biogeográficas consideradas (Alpina, Atlántica, Continental, Macaronésica y Mediterránea). Cuarenta y dos de estos hábitats están identificados como prioritarios y la Comunidad tiene una responsabilidad especial para su conservación a causa de la proporción de diversidad natural que contienen.

En este Anexo I se encuentran trece de dichos hábitats con presencia en Ceuta, tres de los cuales son prioritarios: Brezales secos, Prados calcáreos cársticos (Alysso-Sedion albi) y manantiales petrificantes con formación de tuf (Cratoneurium). En cuanto a los hábitas no prioritarios,  que son un total de diez, son los siguientes : Vegetación anual pionera sobre desechos marinos acumulados ,  Acantilados con vegetación de las costas mediteráneas ( con Limonium ssp.  endémicos), Comunidades de Ampelodesma mauritanica, Fruticedas termófilas, Comunidades megafórbicas esciófilas e higrófilas de linderos, Vegetación  casmofítica calcícola del Mediterráneo Occidental, Vegetación casmofítica.  Subtipo silicícola,  Bosques de galería de Salix alba y Populus  alba, Galerías ribereñas termomediterráneas (Nerio-Tamaricetea) y del Sudoeste de la Península Ibérica (Securinegion tinctoriae) , Bosques de Quercus suber. Además, incluye determinados hábitats marinos cuya presencia en el litoral de Ceuta se está intentando determinar actualmente.

El Anexo II contiene una relación de especies de animales y plantas de interés comunitario, cuya conservación requiere la designación especial de sus hábitats. Tales especies se definen como en peligro, vulnerables, raras o endémicas. Cierto número de las mismas está considerado como prioritarias, señalando la especial responsabilidad de la Comunidad al respecto.

En el caso de Ceuta, se ha constatado la presencia ocasional en su litoral de una especie prioritaria, la tortuga boba (Caretta caretta), y de dos no prioritarias, el delfín mular (Tursiops truncatus) y la marsopa (Phocaena phocaena). Además, en la superficie terrestre, se presentan once especies no prioritarias: un coleóptero (Cerambyx cerdo), dos reptiles (Mauremys leprosa y Testudo graeca) y ocho quirópteros (Miniopterus schreibersi, Myotis blythi, Myotis capaccinii, Rhinolophus blasii, Rhinolophus euryale, Rhinolophus ferrumequinum, Rhinolophus hipposideros y Rhinolophus mehelyi).

El Anexo III establece los criterios de los lugares que pueden clasificarse como lugares de importancia comunitaria y designarse como zonas especiales de conservación, incluyendo éstos los relativos tanto a la evaluación en el ámbito nacional como a la evaluación del conjunto de listas nacionales en el ámbito comunitario.

El Anexo IV relaciona las especies de interés comunitario para cuya conservación los Estados Miembros están obligados a establecer un sistema de protección estricta. Muchas de ellas son las mismas que las listadas en el Anexo II y para esas especies están prohibidas todas las formas de caza, la captura deliberada, las molestias, la destrucción de huevos y el deterioro de los lugares de reproducción y reposo. Además, debe prohibirse la tenencia de especímenes salvajes y su venta, transporte o intercambio.

Entre ellas, en nuestra ciudad se encuentran las siguientes: Atelerix algirus, Hystrix cristata, todos los cetáceos, Testudo graeca, Caretta caretta, Dermochelys coriacea, Mauremys leprosa, Chamaeleo chamaeleon, Coluber hippocrepis, Discoglossus pictus, Hyla meridionalis, Cerambyx cerdo, Saga pedo, Macrothele calpeiana y Patella ferruginea.

Por último, el Anexo V contiene una lista más corta de especies animales y vegetales de interés comunitario cuya recogida y explotación debe estar sujeta a medidas de gestión. En todo caso, debe asegurarse que estas actividades son compatibles con el mantenimiento de un estado de conservación favorable para las especies. Además, el Anexo VI enumera y describe los métodos de caza y captura que deben ser completamente prohibidos.

Por otro lado, uno de los instrumentos de conservación que la Directiva 92/43/CEE contempla es la creación de una red ecológica europea coherente de lugares de importancia comunitaria, denominada Natura 2000. El objetivo de esta red es capacitar a la Comunidad y a los estados miembros para mantener o restaurar un estado de conservación favorable de los hábitats y de las especies, siempre con criterios homogéneos.

Para ello se establecieron varias etapas. La primera es la presentación a la Comisión por parte de los estados miembros de sus respectivas listas de lugares que potencialmente son de importancia comunitaria. Posteriormente la Comisión, y de acuerdo con cada estado miembro, elaborará un proyecto de lista de lugares de importancia comunitaria, empleando como base para ello las listas nacionales. Por último, el estado miembro implicado designará como Zonas Especiales de Conservación (ZEC) a los lugares seleccionados por ser de importancia comunitaria.

A partir de este momento, los estados miembros están obligados a proteger todos aquellos lugares incluidos en la lista de la Comisión, con independencia de que hayan sido designados como ZEC, debiendo adoptar las medidas de conservación necesarias. Estas obligaciones se amplían a todas las ZEPA’s designadas al amparo de la Directiva 79/409, subordinándose ésta a la Directiva 92/43.

De acuerdo con las previsiones iniciales, la lista comunitaria iba a ser aprobada en Junio de 1998. Sin embargo, la complejidad técnica del procedimiento ha provocado un retraso en los plazos establecidos, de forma que aún no ha sido elaborada esta lista. Además, las listas nacionales todavía no se han cerrado totalmente y, en el caso de España, la última entrega de documentación se realizó el 31 de Marzo de 1999, con la que se realizó una ampliación de los lugares propuestos y completando la información en otros casos.