Como factores principales de amenaza se establecen los siguientes:

1. Transformación de los usos del suelo, especialmente los relacionados con la construcción de infraestructuras y la urbanización. Como ejemplo más sobresaliente puede citarse el proyecto en ejecución correspondiente a la carretera de impermeabilización del perímetro fronterizo, que ha causado una serie de efectos adversos de elevada magnitud sobre el suelo, los hábitats, la flora, la fauna y el paisaje. Además, afecta a los procesos ecológicos creando un cierto efecto barrera, y los geofísicos, iniciando procesos erosivos a gran escala que incluso están afectando a la finalización de la propia obra.

2. Eliminación o degradación de la cubierta vegetal, especialmente relevante en el caso de las comunidades asociadas a los cursos de agua por el importante papel que desempeñan en la dinámica de las poblaciones animales. De hecho, la composición de la cobertura vegetal está dominada por comunidades de poca riqueza y diversidad, como son las repoblaciones con especies arbóreas alóctonas y determinadas formaciones abiertas de matorral serial.

3. Incremento de las actividades ganaderas y sobrepastoreo, que impide la regeneración natural de la cubierta vegetal y dificulta la restauración de determinados enclaves degradados. Este problema proviene de un exceso en la presión ejercida sobre la vegetación, de tal forma que la producción de biomasa por parte del ecosistema es menor que la cantidad de materia consumida por el ganado. El resultado final es un empobrecimiento paulatino de las formaciones vegetales, tanto en diversidad como en biomasa acumulada. Este problema se acentúa en aquellas zonas incendiadas y/o afectadas por procesos erosivos.

4. Incendios forestales, que reducen la biomasa vegetal, causan una mortalidad directa tanto de especies animales con capacidad de huida limitada como de aquellos vegetales no rebroteadores, eliminan la comunidad de descomponedores y alteran determinados procesos geoquímicos. Aún así, un número importante de especies vegetales autóctonas son capaces de rebrotar tras el paso del fuego, de forma que se da una recuperación natural de la zona incendiada, siempre que las interferencias sean poco importantes. Sin embargo, este proceso de autorregeneración puede verse dificultado si actúan otros factores como el sobrepastoreo o la remoción del suelo.

5. Erosión del suelo, que reduce extraordinariamente las posibilidades de recuperación de las áreas afectadas, sobre todo cuando actúa con otros factores tal y como se ha descrito anteriormente.

6. Contaminación de suelos y aguas, tanto continentales como marinas, asociada fundamentalmente con los vertederos de residuos sólidos, los efluentes de aguas residuales procedentes de núcleos urbanos aislados y las plantas de desguace de vehículos.

7. Introducción de especies y genomas exóticos, tanto de variedades domésticas como mediante sueltas incontroladas de ejemplares procedentes del tráfico ilegal de especies que existe a través de nuestras fronteras.

En este punto también debe ser contemplada la introducción histórica de diversos múridos cosmopolitas, ya que han podido constatarse ciertos efectos adversos que sobre otros organismos origina la actual proliferación de estos roedores, especialmente en el caso de Rattus rattus.

8. Mortalidad directa por persecución, caza o recolección, por el uso de métodos no selectivos de caza y de control sanitario de especies y por el tránsito rodado.

9. Uso lúdico-recreativo del entorno natural de forma incontrolada, bien por las carencias en cuanto a infraestructuras adecuadas o bien por la falta de normas al respecto.

10. Actividades extractivas, tanto de tierra vegetal como de piedra de cantería. En este caso, cabe destacar la única explotación activa, la cantera de Benzú, ya que afecta a una comunidad vegetal calcícola (Rupicapnetum africanae) que cuenta con diversos endemismos de areal reducido, algunos de los cuales están protegidos por ley, y que constituye la única población de este tipo dentro del territorio del Estado Español.

Frente a esta situación, los esfuerzos de la Consejería de Medio Ambiente en este campo han pasado por la implementación en nuestra Ciudad de la Directiva Comunitaria Hábitats, Directiva 92/43/CEE y de la  Directiva Comunitaria ZEPAs, Directiva 79/409 CEE. Así mismo, y hablando de lo que constituye el objetivo de este trabajo, se ha conseguido incluir nueve especies ceuties en el Catálogo Nacional de Especies Amenazadas. Tras esta catalogación, se consigue el objetivo planteado, consistente en que la singularidad faunística de Ceuta con respecto al resto del Estado Español se viera reflejada a nivel nacional en una norma legal tan importante como es este Catálogo. Además, y con relación a las especies catalogadas, desde OBIMASA se están actualmente realizando los planes de conservación (para las especies vulnerables) y los planes de manejo (para las especies de interés especial) necesarios y que prevé la Ley 4/89 para tales especies.